El último grupo que vamos a mencionar en esta etapa, sería indudablemente el de las bacterias, por lo tanto, hablaremos sobre las bacterias que colonizan la mucosa intestinal. Si lo miramos en números, cada superficie corporal alberga una miríada de microorganismos, por ejemplo, la piel alberga un trillón de bacterias residentes.

Debido a factores específicos que alteran la condición del terreno del intestino delgado, empieza a haber un crecimiento anormal de microorganismos.